W działalności prawie każdego przedsiębiorcy pojawiają się transakcje pozostające poza zakresem VAT (np. otrzymywane dywidendy, kary umowne, odszkodowania, zbycie wierzytelności własnych, przeniesienie części biznesu w formie zorganizowanej części przedsiębiorstwa). Dotychczas, w dużej mierze podatnicy byli uprawnieni do odliczania VAT w całości od zakupów związanych z działalnością podlegającą i niepodlegającą opodatkowaniu VAT – nawet jeżeli realizowali wskazane wyżej transakcje – takie podejście potwierdził również Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 24 października  2011 r. (I FPS 9/10).

Proponowana nowelizacja ma na celu ograniczenie tej możliwości. Poza jednak samym ograniczeniem zakresu odliczenia VAT, nowe przepisy wprowadzą dodatkowe, znaczne utrudnienia dla biznesu, gdyż kluczową kwestią będzie sposób wyliczenia pre-współczynnika oraz jego przełożenie na systemy finansowo-księgowe.
Ministerstwo Finansów zakłada w tym zakresie dość dużą swobodę zarówno dla podatników, jak i dla organów podatkowych przewidując, że nie wprowadzi konkretnych przepisów bezpośrednio regulujących zasady i sposób kalkulacji pre-współczynnika, jak również definicji czynności pozostających poza zakresem VAT. To podatnik będzie musiał określić sposób kalkulacji pre-współczynnika, który najlepiej odpowiadać będzie „specyfice” jego działalności.
Takie podejście do regulacji prawno-podatkowych będzie z pewnością źródłem wielu sporów z organami podatkowymi. Do pewnego stopnia ograniczeniem całkowitej swobody oceny dla organów podatkowych sposobu kalkulacji pre-współczynnika będzie możliwość potwierdzenia przyjętej przez podatnika metodologii z właściwym dla podatnika urzędem skarbowym. Problem jednak tkwi w terminach, gdyż planowane od 1 stycznia 2015 r. wejście w życie omawianych przepisów oznacza, że przedsiębiorcy nie zdążą od razu potwierdzić przyjętej metodologii kalkulacji pre-współczynnika z urzędem skarbowym, a to oznacza znaczną niepewność w ich rozliczeniach podatkowych w początkowym okresie obowiązywania nowych regulacji.
Ministerstwo Finansów powinno rozważyć taki sposób wprowadzenia regulacji – szczególnie tak nowatorskich – aby nie powodować niepotrzebnych zakłóceń dla funkcjonowania biznesu tym bardziej, że i tak dostosowanie się do planowanych zmian będą dla przedsiębiorców kosztowne.